福田口岸站位于国花路与福田保税区一号通道交叉口西南侧，沿福田保税区一号通道东西向布置。车站为地下三层三跨岛式站台钢筋混凝土箱形框架结构，共计出入口4个：E口、C口、D1口、D2口。

其中，C口接地铁4号线福田口岸站；D2口接菩提路北侧；D1口接桂花路北侧；E口接菩提路银泰苑小区。